دوره تاریخی مصر در آستانه هزاره سوم و چهارم قبل از تولد مسیح آغاز شد. سنت فرهنگی کهن، تحت تأثیر مهاجمان و تحولات داخلی، تا زمان پذیرش مسیحیت در قرن چهارم پس از میلاد ادامه داشت. تقریباً سه و نیم هزار سال است که فهرست و عملکرد خدایان مصری دستخوش تغییرات قابل توجهی شده است. خدایان مصری ویژگی‌ها و نام‌های مشخصه همسایگان خود - آشوری‌ها، هیتی‌ها، هیکسوس‌ها، هلنی‌ها را به دست آوردند.
پس از اتحاد مصر تحت حاکمیت یک حاکم واحد، خدایان بسیاری از مناطق و قبایل این کشور وارد پانتئون مشترک شدند، اما بیشتر آنها فقط در محیطی که فرقه آنها در آنجا شکل گرفت مورد احترام بودند. برخی از خدایان به تدریج معنای مصری مشترکی پیدا کردند. الهه باستت، که دارای سر گربه است، بدون شک برخاسته از کیش احترام به گربه ها به عنوان نگهبان ذخایر غلات موش است. کشاورزی نقش بزرگی در مصر داشتنقش، بر خلاف، برای مثال، هلاس، که عمدتا به دلیل تجارت و فتوحات نظامی افزایش یافت. خدایان انسان‌نمای مصری غالباً سر حیوانی داشتند که بر اساس احترامی که این یا آن فرقه به وجود آمد. به عنوان مثال، خدای Thoth سر یک ibis داشت، الهه Sokhmet (Sekhmet) دارای سر یک شیر، Anubis دارای سر یک سگ بود.
با افزایش مناطق خاصی از کشور، تغییر سلسله ها یا "انتقال" پایتخت به مکان جدید، خدایان مصری "نخستین طبقه" نیز تغییر کردند. ویژگی جالب دین مصر باستان وجود تعداد زیادی از اسطوره های کیهانی (یعنی نسخه هایی از مبدأ جهان) بود و در هر محل، خدای محلی نقش اصلی را در این امر دشوار ایفا کرد.
خدایان مصری به این تعداد زیاد که پایه و اساس جدایی طلبی محلی شدند، بدون شک مورد نیاز یک کشور واحد نبودند. علاوه بر این، فرقه‌های متعدد مستلزم صرف مقدار زیادی از منابع مادی بود که می‌توانست با سود بسیار بیشتری در نظم داخلی کشور، نگهداری ارتش و غیره صرف شود. قبایل کشیش با داشتن ثروت و نفوذ فراوان، مستقیماً تنها قدرت فرعون را تهدید می کردند.
همه چیز را در نظر گرفت، فرعون آمنهوتپ چهارم، با نام آخناتون، آیین یک خدای کوچک منطقه ای آتون (قرص خورشیدی خدایی شده) را به عنوان یک دین رایج مصری معرفی می کند. اما اینرسی سنت بسیار قوی بود و آخناتون قبل از رسیدن به چهل سالگی می میرد. طبق قانع کننده ترین روایت، او بودمسموم شده درست است که آزار و شکنجه خانواده را لمس نکرد و همسرش (نفرتیتی معروف) سالها پس از مرگ شوهرش زنده ماند.
پس از تسلط ایرانیان و بعداً هلنی ها بر کشور، خدایان و الهه های مصری به تدریج نفوذ سابق خود را از دست دادند و رو به زوال می روند. آنها با خدایان مهاجمان ادغام می شوند. به عنوان مثال، اسکندر مقدونی در مصر به عنوان پسر زئوس-آمون، یک خدای مصری-هلنیستی همزمان مورد احترام بود.
هنگامی که خدایان مصری، که نام آنها هم ریشه محلی و هم نام ترکیبی داشت، جای خود را به دین جدیدی - مسیحیت دادند، به تدریج فراموشی نوشتار مصر باستان آغاز شد. در زمان امپراتور کنستانتین، آخرین حامل سنت مذهبی مصر درگذشت، پس از آن برای قرن ها نام خدایان مصر باستان تنها از نوشته های مورخان یونانی و رومی شناخته شد. اما هر دوی آنها در زمانی با فرهنگ مصر آشنا شدند که فرهنگ مصر رو به زوال بود و بعید است که کشیشان غریبه ها (اغلب متجاوزان) را وارد اسرار دین خود کنند.
تلاش برای رمزگشایی هیروگلیف های باستانی بارها توسط دانشمندان عرب و اروپایی ها انجام شد، اما بی نتیجه بود. و تنها در آغاز قرن نوزدهم، فرانسوا شامپولیون، زبان شناس برجسته، موفق شد کلید رمزگشایی متون مصری را بیابد. از آن لحظه، دوران مدرن مطالعه تاریخ و فرهنگ مصر باستان آغاز شد.
